Cawangan Pemantauan, Kawalan Dan Pengawasan (MCS)
- Menyelaras Program penguatkuasaan Bagi melindungi sumber perikanan negara.
- Menyelaras perhubungan komunikasi Bagi menjamin kelestarian dan keharmonian komuniti perikanan
- Menyelaras kolaborasi dengan agensi-agensi penguatkuasaan yang lain. Bagi memastikan penyelarasan penguatkuasaan maritim berjalan dengan lancar
- Menyelaras Urusan MCS Supaya menjamin kemampanan pengurusan sumber perikanan di perairan negara
Cawangan Kolaborasi, Pendidikan Dan Logistik
- Menyelaras peruntukan Pembangunan dan Mengurus
- Menyelaras pengurusan dan pentadbiran anggota penguatkuasa di Ibu Pejabat dan anggota penguatkuasa Negeri serta pangkalan
- Menguruskan Logistik program penguatkuasa Bagi memastikan Program MCS berjalan lancar
- Melaksana dan menguruskan kerjasama/kolaborasi strategik dengan pemegang taruh.
- Merancang dan melaksanakan program pendidikan dan kesedaran awam yang berkaitan dengan Pematuhan Akta Perikanan 1985 dan konservasi Marin
- Merancang, membangun, menyediakan bahan penerbitan dan publisiti
- Mengurus program pembangunan kapasiti BKOPP
Cawangan Pengurusan Taman Laut Dan Perlindungan Marin
- Merancang dan menguruskan dasar dan polisi Kawasan Perlindungan Marin (MPA).
- Merancang pewartaan kawasan Taman Laut dan MPA baharu termasuk kawasan refugia dan musim tertutup.
- Merancang pengurusan, pembangunan fizikal dan aktiviti MPA yang mampan.
- Merancang dan menyelaras pengurusan, pembangunan serta pengoperasian Taman Laut dan kawasan perlindungan marin.
- Menyelaras pengurusan korporat dan keurusetiaan (Pelan Strategik/KPI/ Majlis Penasihat Kebangsaan Taman Laut dan Rizab Laut (MPKTLRL)).
- Menyelaras peruntukan Tabung Amanah
Cawangan Konservasi Ekosistem Dan Biodiversiti
- Menjalankan Underwater Surveilance bagi pematuhan Bahagian IX Akta Perikanan 1985.
- Menyelaras dan melaksanakan aktiviti kajian bagi ekosistem akuatik dan sumber perikanan.
- Menjalankan Pemantauan Ekosistem Akuatik dan Sumber Perikanan
- Melaksanakan aktiviti rehabilitasi ekosistem akuatik dan sumber perikanan.
- Menyedia dan menguruskan pangkalan data sumber perikanan
- Mengurus dan memproses permit serta Remitan fi.