Bahagian Perikanan Tangkapan dan Pelesenan

    Cawangan Pembangunan Laut Dalam

1. Menilai, mencadang dan melaksana permohonan dasar dan prosedur permit vesel dan peralatan menangkap ikan laut dalam.
2. Mencadang, menilai, melaksana dan memantau dasar, prosedur dan peraturan baru serta semakan/pindaan berkaitan pelesenan laut dalam.
3. Merancang ,menyelaras, menilai, melaksana dan memantau program/projek berkaitan pembangunan perikanan laut dalam.
4. Melaksana, menilai dan memantau pelesenan laut dalam melalui sistem e-Lesen dan pemeriksaan khas fizikal vesel.
5. Merancang pembangunan dan pelaksanaan program/projek antarabangsa yang melibatkan pembangunan laut dalam.
6. Menilai program pemantauan vesel untuk perikanan laut dalam melalui sistem Vessel Monitoring System (VMS), Laporan Operasi Vesel (LOV) dan sistem  pemantauann vesel (keluar-masuk) C2 (SPVC2).
7. Menyelaras maklumat dan data pelesenan perikanan laut dalam.
8. Menyelaras, menilai dan memantau aktiviti pemutihan/naziran bagi vesel perikanan laut dalam.
9. Menyelaras, menilai dan menyedia maklumat dan maklumbalas atau laporan kepatuhan berkaitan perikanan laut dalam di peringkat jabatan, kementerian, agensi dan antarabangsa.
10. Menyelaras, melaksana dan menilai program perundingan Industri/konsultasi bersama pihak berkepentingan berkaitan perikanan laut dalam.

    Cawangan Pelesenan

1. Mencadang, menilai, melaksana dan memantau dasar, prosedur dan peraturan  baru serta semakan/pindaan berkaitan pelesenan perikanan pantai dan nelayan tulen. 
2. Merancang, menyelaras, menilai, melaksana, memantau berkaitan pembangunan perikanan pantai.
3. Merancang pembangunan dan pelaksanaan program/projek antarabangsa yang melibatkan perikanan pantai.
4. Melaksana, menilai dan memantau pelesenan perikanan pantai melalui sistem e-Lesen.
5. Menyelaras dan melaksanakan program pemantauan vesel untuk perikanan pantai melalui pemasangan alat pemantauan vesel.
6. Menyelaras, menilai dan memantau perakuan perikanan tangkapan ikan bagi tujuan eksport.
7. Menyelaras  maklumat dan data pelesenan perikanan pantai.
8. Menyelaras, melaksana dan menilai program perundingan industri/konsultasi bersama pihak berkepentingan berkaitan perikanan pantai.
9. Menyelaras, menilai dan memantau aktiviti naziran bagi vesel perikanan pantai

    Cawangan Pembagunan Tuna

1. Mencadang, menilai, melaksana dan memantau dasar prosedur dan peraturan baru serta semakan/pindaan berkaitan mengenai pelesenan.
2. Merancang, menyelaras, menilai, melaksana, memantau program/projek berkaitan pembangunan di bawah Rancangan Malaysia ke-11 berkaitan pengurusan perikanan tuna.
3. Merancang, menyelaras dan melaksana program/projek antarabangsa yang melibatkan Industri Tuna.
4. Melaksana, menilai dan memantau aktiviti pelesenan tuna.
5. Menilai dan memantau aktiviti operasi vesel penangkapan ikan di laut lepas dan pendaratan ikan tuna melalui pelaporan log book VMS dan pemeriksaan vesel semasa pendaratan.
6. Melaksana, menilai dan memantau program pembangunan rantaian Industri Tuna.
7. Menyelaras pematuhan kepada resolusi IOTC dan undang-undang antarabangsa dan domestik.
8. Menyelaras maklumat dan data pelesenan.
9. Menyelaras, melaksana dan menilai program perundingan industri/konsultasi bersama pihak berkepentingan berkaitan Industri Tuna.
10. Menjalankan aktiviti naziran pelesenan vesel tuna di Pulau Pinang dan Labuan.
11. Menyelaras dan menyediakan pelaporan IOTC.

   Cawangan Pemuliharaan Sumber dan Rekreasi​​

1. Mencadang, menilai, melaksana dan memantau dasar, prosedur dan peraturan baru serta semakan/pindaan berkaitan pemulihaaran sumber  marin dan perikanan rekreasi marin.​
2. Merancang, menyelaras, menilai, melaksana dan  memantau berkaitan pembangunan pemuliharaan sumber marin dan perikanan  rekreasi marin.​
3. Merancang pembangunan dan pelaksanaan program/projek antarabangsa yang melibatkan pemuliharaan sumber marin dan perikanan rekreasi marin.​
4. Merancang, menyelaras, menilai, melaksana dan  memantau pendaftaran/pelesenan bagi aktiviti penagkapan ikan rekreasi kelautan.​
5. Menyelaras, menilai dan memantau pembangunan dan pemuliharaan kawasan penangkapan ikan rekreasi kelautan.
6. Membangun, melaksana dan menilai pembangunan industri perikanan rekreasi marin.